La historia comienza en que la Princesa Peach recibe una invitación del Dr. Modorra para hacer turismo en Isla Almohada. Peach invita a Mario y a Luigi para que la acompañen. Al llegar les espera Charles Bloquette para guiarles a unas misteriosas ruinas (el palacio Almohada que ahora es un museo y un hotel) en el que se conservan miles de objetos arqueólogos que tienen que ver con una antigua tribu nativa de la isla llamada almohada. Es ahí donde la princesa Peach es secuestrada a través de un portal del sueño por una misteriosa niebla morada (el Conde Pesadillo) mientras Luigi dormía en una antigua almohada mágica (que en realidad es Duermeberto petrificado por un fragmento de pesadilla) y llevada al Mundo de los sueños, inmediatamente, Mario y Luigi deciden rescatarla con la ayuda de Aurelia y de Duermeberto, el príncipe de los almohadas al que Mario y Luigi rescataron tras liberarle del fragmento de pesadilla que le tenía retenido. Duermeberto también les cuenta a Mario y a Luigi la historia de los almohadas: los almohadas tenían la capacidad de poder viajar al mundo de los sueños gracias a la piedra de los sueños, formada por sueños y esperanzas y a la piedra oscura, una sólida unión formada por pesadillas. Los almohadas protegían tranquilamente ambas piedras, hasta que un día, el malvado soberano de los murciélagos, el conde Pesadillo, robo la piedra oscura. Los almohadas lucharon contra él y consiguieron encerrarle en el mundo de los sueños, pero antes de aquello, rompió la piedra oscura y los fragmentos de pesadilla se dispersaron por toda la isla , haciendo que todos los almohadas quedaran petrificados y encerrados en los fragmentos de pesadilla. Así que, Mario y Luigi deberán liberar a los almohadas, rescatar a la princesa Peach y hacerle frente a Pesadillo para que la isla Almohada no caiga en sus garras.